La pyramide de Djédefrê est presque au centre du complexe. Elle fut érigée sur une colline rocheuse s’élevant à environ 150 m au-dessus de la vallée du Nil. Elle est proche, par ses dimensions, de la pyramide de Menkaourê (ou Mykérinos, 24924-2472). Elle mesurait originellement à sa base 106 m sur sa face Sud et 106,20 m sur celle au Nord, avec un décalage, par rapport au Nord, de 48′ d’arc vers l’Ouest. Sa hauteur actuelle n’est plus que de 11,40 m, mais sa hauteur initiale devait atteindre 67/68 m. Ainsi, elle devait culminer aux environs de 220 m au-dessus du niveau du Nil, tandis que le sommet de la pyramide de Khoufou (ou Khéops), s’élevait à 206,70 m (Dont 146,59 m de pyramide). Certains égyptologues avancent que la pyramide ne fut probablement jamais terminée. D’autres, s’appuyant sur des recherches récentes, ont déterminé qu’elle avait bien été achevée, mais qu’elle fut utilisée comme carrière de pierre à l’Époque Romaine. Ceux-ci, peu scrupuleux comme à leur habitude, s’en servirent pour la construction d’un bâtiment militaire sur les ruines du temple funéraire, ce qui expliquerait l’état actuel de la pyramide.

   Les pyramides des prédécesseurs de Djédefrê avaient leur chambre funéraire à l’intérieur du monument, au-dessus du niveau du sol. Pour des raisons inconnues, Djédefrê préféra avoir sa chambre funéraire, établie au fond d’un puits énorme mesurant 23 m x 10 m, et descendant à plus de 21 m dans le sol. Dans le mur Nord il y a un fossé ouvert contenant les restes d’un couloir descendant, long de 44,25 m avec une hauteur de 5,5 m (au fond). Il est aligné approximativement le long de l’axe Nord Sud de la pyramide. Le plancher, sur lequel ce passage descendant fut construit, fut creusé dans la roche puis recouvert d’une maçonnerie de calcaire de Tourah.
 
   Il conduit à un passage horizontal de 5,40 m de long qui marque la transition entre la partie descendante et les chambres de la pyramide. Dans le plancher, près du mur Est, on trouve les vestiges d’un passage vertical qui dût être creusé par des voleurs et qui vise directement la chambre funéraire. Cette partie a un puits de 3,10 m de profondeur, directement dans la roche. Un fragment de bloc y fut mis au jour comportant des hiéroglyphes, qui selon Nicolas Grimal indiquent le nom de Djédefrê.

 
   Au bout de ce couloir horizontal on arrive sur le gigantesque puits. Le sol, creusé dans la roche, fut surmonté par cinq couches de calcaire fin afin d’amener probablement le niveau de l’antichambre jusqu’à celui du passage horizontal. Les restes de mortier sur ses murs prouvent que le puits avait été rempli de maçonnerie après que les chambres au fond aient été terminées.
 
   Presque rien ne subsiste de la maçonnerie des salles. Assez étrangement, c’est le passage des voleurs qui nous fournit la plupart des informations. La chambre funéraire a été localisée à plus de 20 m de profondeur, elle mesure 21 m x 9 m. Elle fut construite avec des blocs énormes de granit d’Assouan. Pendant les fouilles à l’intérieur de cette sous-structure de la pyramide, William Matthew Flinders Petrie a découvert un fragment de granit rose, dont il pense faire partie du sarcophage. Il est possible que ce sarcophage du Roi soit toujours sous les ruines qui ne sont pas complètement explorées.
 
   La pyramide satellite, près de la pyramide du Roi, fut découverte en 2002 par l’expédition archéologique Franco-suisse. Sa localisation au Sud-ouest de la pyramide fait suggérer aux spécialistes qu’elle avait une fonction de culte. Cependant la présence d’une structure souterraine avec un couloir de 4 m long et les vestiges d’un sarcophage indiquent plutôt une chambre funéraire. Selon Zahi Hawass, dans cette pyramide furent enterrés des membres de la famille royale, la Reine et des Princesses. Des fragments de l’équipement funéraire de la Reine auraient été trouvés ?. Le temple funéraire et une fosse à barque solaire se situent à l’Est de la pyramide. Le temple a été fini avec des briques, laissant supposer que les travaux aient été terminés à la hâte.