Si Aÿ possédait plusieurs titres, sa tombe à Amarna ne fait état que de quatre : "Père Divin", "Scribe bien aimé du Roi", "Porte étendard à la droite du Roi" et "Chef de toute la cavalerie du Roi". L’abandon de la construction de sa tombe, vers l’an 8 ou 9 du Règne d’Akhénaton pose beaucoup d’interrogations aux égyptologues, car on sait que des artisans travaillèrent dans d’autres tombes au moins jusqu’a l’an 12. De plus, de l’an 8/9 jusqu’à la prise de pouvoir du jeune Roi Toutânkhamon, on perd toute trace d’Aÿ II. Ce qui fait penser à quelques spécialistes que le futur souverain n’est plus à Amarna et qu’il en a peut-être été banni suite à une mésentente avec Akhénaton, dont il est le conseillé.

 
   Pourtant dans les lettres d’Amarna (Sceaux en langue Akkadienne pour la plupart, qui sont en fait les archives de la correspondance diplomatiques des règnes d’Amenhotep III (1390-1353/52) et d’Amenhotep IV avec les autres dirigeants des royaumes de l’époque), un officiel Égyptien en mission diplomatique apparaît sous le nom de Hai (et diverses autres variantes). Otto J.Schaden estime qu’il ne peut s’agir de la même personne avec Aÿ pour des raisons de transcription de l’Égyptien en Akkadien. Aÿ "réapparaît" donc au début du règne de Toutânkhamon, nous n’avons pas de document le citant pendant les presque trois années séparant la mort d’Akhénaton et le couronnement de Toutânkhamon. Il obtient alors un poste important et jouit à nouveau d’une position privilégiée.
 
   Sur un fragment d’objet on voit Toutânkhamon massacrer un ennemi non pas devant le Dieu Amon, mais devant Aÿ et sur d’autres, provenant de la tombe KV58 de la vallée des Rois, on voit le cartouche seul d’Aÿ ou associé avec celui de Toutânkhamon, ce qui fait penser à quelques égyptologues que le "Père Divin" avait peut-être la fonction de Régent. À cette même époque Horemheb (Roi, 1323-1295), dont nous ne connaissons rien de la carrière avant Toutânkhamon, apparait comme le second personnage du Royaume par ses titres, mais bizarrement Aÿ est totalement absent des inscriptions de la tombe de ce Général, y avait-il conflit d’intérêts entre les deux hommes ?.
 
   La première question qui vient c’est : À cette période, qui est le véritable dirigeant du pays, compte tenu du jeune âge du Roi ?. Bien qu’aucun document ne vienne le confirmer, Otto J.Schaden penchent pour une régence d’Aÿ II. Le fait de se faire représenter devant le Roi, comme son égal, dans la tombe de Toutânkhamon prouve il est vrai son importance et confirme qu’il fut proclamé Roi très rapidement après la mort du jeune souverain, quelques jours. Mais pourquoi une telle rapidité ?, le pays était-il menacé par une guerre comme le pensent quelques égyptologues, ou voulait-il tout simplement prendre Horemheb de vitesse ?. On a pensé aussi à une possible révolte de palais que le "Père Divin" voulait éviter.
 
   Selon certains spécialistes, il s’agissait d’un moyen d’assoir son trône. Pour d’autres c’est en épousant la veuve de Toutânkhamon, Ânkhesenamon qu’il va légitimer son accession à ce trône. L’hypothèse de cette union repose sur un très mince indice, une bague portant les cartouches d’Aÿ et de la jeune veuve. Nous savons qu’une Reine, veuve d’un Roi d’Égypte, demanda à l’Empereur des Hittites de lui envoyer un de ses fils pour qu’il monte sur le trône des Deux Terres. Cet épisode, s’il est avéré, pose un sérieux problème aux égyptologues qui débattent sur son positionnement chronologique. Âgée d’à peine 22 ans, Ânkhesenamon est l’héritière du pouvoir après la mort de Toutânkhamon, n’ayant pas à ce moment d’enfant, mais elle sait qu’elle ne peut lutter contre les conjurations.

 
   Plutôt que de s’associer à un des hauts dignitaires Égyptiens, elle aurait alors proposé à l’Empereur des Hittites (Les pires ennemis de l’Égypte), Moursil II (1321-1295), d’épouser un de ses fils pour régner à ses côtés. Ce dernier aurait d’abord refusé croyant à un piège. Ces documents qui ont été retrouvés dans la capitale Hittite, Hattousa, étaient conservés dans les archives de la cité.
 

 
  Dans ces annales Hittites, la Reine Égyptienne qui est citée porte le nom de "Dakhamunzu", le problème est qu’à aujourd’hui, on ne peut pas identifier avec certitude à quelle personne il s’adresse. Le nom est peut-être tout simplement une translittération du titre Égyptien "Tahemetnesu" (Femme Reine) et non pas le nom d’une personne.
 
   Certains égyptologues avancent que la Souveraine auteur de cette lettre pourrait être la sœur aînée d’Ânkhesenamon, Méritaton, pour d’autres il s’agit de Néfertiti ?. Si ces faits datent bien de la mort de Toutânkhamon, on comprend alors l’empressement d’Aÿ à se déclarer Pharaon pour contrer les négociations. Ce qui est troublant c’est que, Aÿ au pouvoir, on perd toutes traces d’Ânkhesenamon, elle disparaît de la vie politique du jour au lendemain.
 
   Si Toutânkhamon pour certains a été tué, ce qui, à la lumière des dernières découvertes, n’est plus envisagé, puisqu’il serait mort de maladie, subit-elle le même sort?, combien de temps après son époux est-elle morte ?, quand et où est-elle enterrée ?, autant de question sans réponse à aujourd’hui. Durant le règne d’Aÿ II on constate aussi qu’Horemheb disparaît des textes. Il semble remplacé par un autre officier du nom de Nakhtmin, dont l’origine prête aussi à polémiques, il serait un fils d’Aÿ II ?.

   Comme le précisent Aidan Marc Dodson et Dyan Hilton, le fait que Nakhtmin fut l’héritier désigné d’Aÿ II est fortement impliqué dans des inscriptions gravées sur une statue de ce Prince qui a sans doute été faite sous le règne d’Aÿ II. Il y est clairement noté avec les titres de "Prince héritier" et "Fils Frère du Roi". Toutefois la seule conclusion que l’on peut en ici tirer est que Nakhtmin fut, soit un fils légitime, soit un fils adoptif d’Aÿ II, soit comme le proposent certains le gendre du Pharaon.
 
   Dodson et Hilton qui ont étudié la statue, précisent qu’il y a toujours une incertitude de savoir si le titre : "Fils Frère du Roi", indiquait un lien de parenté entre eux, ou si Nakhtmin était vice-Roi de Kouch, fonction qui avait cette appellation à l’époque. Toutefois, nous n’avons pas retrouvé à ce jour de trace d’un vice-Roi de Kouch sous le nom de Nakhtmin. Au contraire nous avons celle d’un dénommé Paser qui occupait ce poste pendant cette période. Selon Hans Wolfgang Helck c’est de cette dernière constatation que l’on peut réduire l’identification de Nakhtmin au fils d’Aÿ II. Dans l’attente de plus de preuves le débat reste ouvert.
 
   Tout au long de son règne, Aÿ II va chercher tout de même à affirmer son trône en se rattachant à Toutânkhamon. Il va poursuivre l’œuvre de celui-ci, dont il était sûrement l’initiateur, compte tenu du jeune âge et du manque d’expérience du Roi. Il poursuit ses travaux et lui bâtit un temple funéraire. Il est considéré comme le Roi ayant mis un terme définitif à "l’époque Amarnienne". Il va consolider le retour à l’ancienne religion. Toutefois il garde son titre de "Père Divin" et se dit même Père de Toutânkhamon. À la mort d’Aÿ II, son "fils" Nakhtmin va se faire ravir le trône par Horemheb. Certains spécialistes pensent que le Prince mourut avant Son père. Horemheb recevra pour se faire, l’aide des Prêtres d’Amon, pressés d’effacer les dernières traces d’une période néfaste pour leur Dieu.

 
   Aÿ II eut deux ou trois épouses en fonction des spécialistes :