Après cette victoire Histiée rentre à Sardes avec Darius I et ce dernier lui demande ce qu'il voulait en échange de ses services. Histiée répond qu'il aimerait Myrcinus et des riches domaines situés en Thrace. Le commandant Perse Megabaze soupçonne alors Histiée de vouloir ces territoires pour des raisons stratégiques, car ils contrôlaient les routes commerciales en Europe et ils possédaient de nombreuses ressources comme des mines d'argent ou du bois. Darius I ne pense pas qu'Histiée soit déloyal, mais il lui demande de revenir à Suse comme ami et conseiller. Histiée est obligé d'accepter et laisse à sa place à Milet son neveu et gendre Aristagoras.

   Toutefois le Tyran n'aime pas la vie à Suse et il commence à imaginer un plan pour reprendre son pouvoir à Milet et inciter les villes d'Ionie à la révolte contre le Grand Roi Perse. En 499, il imagine une ruse diabolique pour faire passer un message à son neveu. Il fait raser la tête d'un esclave puis lui inscrit un message dessus. Il attend que les cheveux repoussent et cachent le message et il envoie l'esclave à Aristagoras. Le texte est clair, il appartient à Aristagoras de lever la révolte des cités d'Ionie le plus vite possible. Ce dernier, bien qu'il soit détesté par ses propres sujets, après une expédition à Naxos qui s'est soldée par un échec, arrive quand même à suivre les instructions d'Histiée. Avec l'aide des Athéniens et des Erétrieens ils attaquent et brûle Sardes.

   Lorsque Darius I apprend la révolte, il envoie, la même année Histiée pour la mater, ce dernier faisant semblant de ne pas avoir connaissance de ses origines. Darius I est berné et permet à Histiée de quitter les lieux. Sur le chemin du retour, Histiée s'arrête à Sardes où le Satrape de Lydie Artapherne (ou Artaphernês), le neveu de Darius I, lui demande également quelle était la cause de la révolte. Histiée de nouveau fait semblant de ne pas avoir d'idée, mais Artapherne à vent de toute l'histoire. Histiée est contraint de fuir à Chios. Il tente alors d'impliquer d'autres Perses de Sardes dans l'histoire. Ceux-ci seront par la suite tués par Artapherne.

Les bains de Faustina 

Passage sous le théâtre

           Histiée essaie de construire une flotte à Chios, pour essayer de se rétablir comme Tyran de Milet. Mais les Milésiens ne veulent pas d'un retour à la Tyrannie et l'exil à Lesbos. Là, il réunie des navires et, selon Hérodote, commence à commettre des actes de piraterie en mer Noire et en mer Égée à partir d'une base à Byzance. Certains spécialistes pensent qu'il est également possible que Darius I lui est simplement donné le contrôle du Bosphore au cours de la révolte. Pendant ce temps les Perses vont mettre un terme à la Rébellion à la bataille de Ladé, en 494 av.J.C, lorsque les cités Ioniennes se retrouvent opposées à la flotte Perse de Darius I et vont perdre la bataille. Lorsque Histiée apprend ce qui s'est passé, il quitte Byzance, attaque Chios et bloque Thasos, puis il essaie de prendre pied sur le continent pour attaquer les Perses, mais il est capturé par le général Perse Harpagus. Le Satrape Artapherne ne veut pas le renvoyer à Suse où il sait que Darius I lui pardonnerait tout. Alors il exécute lui-même Histiée en le faisant crucifier et envoie sa tête momifiée à Darius I. Celui-ci ne croira jamais qu'Histiée était un traite et donnera une honorable sépulture à la tête d'Histiée.  

           Aristagoras (494- ?) était le fils de Molpagoras et le beau-fils et neveu d'Histiée. Il prend le contrôle de Milet lorsque son beau-père est nommé à Suse comme conseillé de Darius I. Selon Hérodote, lorsque Naxos se révolte, en 502, les Seigneurs Perses de l'île demande de l'aide à Aristagoras, celui-ci accepte dans l'hypothèse où il serait reconnu après comme dirigeant de l'île. Il s'allie à Artapherne (ou Artaphernês), le Satrape de Lydie et reçoit une flotte de navires. Malheureusement pour l'invasion, Aristagoras se brouille avec l'amiral Megabates, qui informe Naxos que la flotte arrive. L'invasion échoue et l'alliance avec Artapherne s'écroule. Dans une tentative de se sauver de la colère des Perses, il commence à planifier une révolte des Milésiens et des autres cités d'Ionie. Pendant ce temps, Histiée voulant se défaire de son étreinte à Suse, fomente le même espoir et envoie l'ordre de révolte à Aristagoras, de sorte que les Perses le renvoient à Milet avec la mission d'écraser la rébellion et de reprendre son poste de Tyran. En 499, aurait commencé de ces faits la révolte Ionienne.

   Aristagoras se rend en Grèce afin de trouver des soutiens supplémentaires pour le soulèvement. À Sparte, il rencontre le Roi Cléomènes I (520-490) et fait valoir : Qu'une invasion préventive de Perse serait facile si tous étaient alliés, qu'il y avait beaucoup de richesses en cours de route à amasser et que la capitale de Suse se trouvait seulement à trois mois de marche. Toutefois, Cléomènes I rejette son offre. Aristagoras se tourne alors vers Athènes où il trouve plus de succès, parce que, selon Hérodote, il était plus facile de convaincre une assemblée de milliers d'Athéniens que de convaincre un Roi Spartiate. Avec l'aide d'Athènes Aristagoras dirige l'attaque sur Sardes, la capitale de la satrapie Perse de Lydie qu'il prend et brûle.

    Cependant les Perses contre attaque et le Satrape Artapherne reprend l'avantage. La révolte tourne au désastre et les populations des cités d'Ionie vont payer lourdement ce soulèvement. Les Milésiens et les cités impliquées dans cette guerre, sont écrasés à la bataille navale de Ladé (Du nom de l'île située face de Milet). La ville est assiégée, puis en 494, prise d'assaut et rasée par les Perses qui déportent ses habitants à Suse. Aristagoras fuit vers la Thrace où il essaie de prendre le contrôle à Myrcinus de la colonie qu'Histiée avait installé sur le fleuve Strymon, sur le même site que la dernière colonie d'Amphipolis. Il est tué par les Thraces voisins lors d'une attaque de leur village.

   En 479, à la suite de la bataille du Mont Mycale qui met fin à la Deuxième Guerre Médique (480-479), Milet, libérée du joug Perse, est reconstruite par ses habitants avec l'aide d'Athènes, selon un plan hippodamien (Inventé par Hippodamos). La ville semble être la première cité antique à l'avoir adopté. Cette liberté est de courte durée car c'est au tour d'Athènes, qui avait joué un rôle prépondérant dans la victoire, de tirer profit de la région avec en 478 la fondation de la Ligue de Délos, qui entreprend de constituer un Empire maritime assurant l'hégémonie de la cité sur la mer Égée et sa domination sur le monde Grec. Milet comme beaucoup de villes Ioniennes entre dans la Ligue.

Autre partie du théâtre

   La ville possédait de somptueux monuments et édifices.

• Le Bouleutérion, salle de réunion de la Boulé (Conseil).

• Le Delphinion (ou Didymoeon ou temple d'Apollon Didyméen) qui fut le sanctuaire d'Apollon Delphinios. Il était le principal sanctuaire de la cité et fut le protecteur des bateaux et des ports. C'était le sanctuaire le plus vénéré, le plus riche et le plus luxueux de toute l'Asie Mineure avec cent vingt colonnes, aux bases sculptées toutes différemment.

• Le Marché du Nord

• Le Marché du Sud, dont l'entrée monumentale a été transférée et reconstituée à Berlin, au Pergamon Museum, par Theodor Wiegand

• Le Marché Ouest, près du temple d'Athéna.

• Le Nymphée qui était une fontaine publique avec sculptures.

• Les Thermes de Faustine ou bains de Faustina, d'époque Romaine.

• Le Sanctuaire oraculaire d'Apollon à Didymes.

• Le stade

• Le théâtre qui est le plus grand d'Asie Mineure. Il était tout en pierre et marbre. Il fut construit au IVe siècle mais il fut agrandit par les Romains (140 mètres de diamètre) et pouvait accueillir 15 000 personnes. Il comportait un autel impérial.

• Trois temples : Le temple de Cérès, le temple d'Athéna et le temple de Vénus.

Quelques personnages célèbres de Milet